Las preocupaciones ambientales no fueron favorables durante la construcción, con alrededor del 8% del coste total, aproximadamente [euros] 867 millones, invertidos en la protección del medio ambiente. Los ejemplos incluyen un euro [] 14600000 proyecto de instalación de barreras acústicas que cubre 10,6 kilometros de la línea y que varían en altura de 2m a 7,5 m, mientras que los 2,5 km de túnel Regajal fue construido específicamente para proteger la vida silvestre de una zona de alta sensibilidad. Además, entre Cuenca y Valencia, tres túneles y viaductos se construyeron varios cerca de las Hoces del Cabriel para preservar áreas similares. El trabajo también fue detenido temporalmente en algunos tramos de respetar las aves que anidan.

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